Au printemps 2001, la Suisse et l'Union européenne ont décidé d'ouvrir de nouvelles négociations bilatérales. 9 dossiers ont ainsi été négociés. Ces accords entrent en vigueur séparément, puisqu'ils ne sont pas liés entre eux. Les accords les plus connus, négociés dans le cadre des Accords bilatéraux II, sont les Accords de Schengen-Dublin.


Accords de Schengen et de Dublin

Jusqu'ici la Suisse ne faisait pas partie de l'espace Schengen et n'avait pas signée la convention de Dublin, sur le pays de premier asile. Elle devait donc lutter seule contre la criminalité.
Le 5 juin 2005, le peuple suisse a accepté les Accords de Schengen et de Dublin. Ils sont entrés en vigueur en 2009.
Depuis l'entrée en vigueur de l'Accord de Schengen, les contrôles systématiques d'identité ont disparu à la frontière suisse. Les contrôles de marchandises, eux, subsistent. La Suisse a augmenté également sa collaboration policière et judiciaire avec l'Union européenne. Enfin, elle intègre le système d'information Schengen, grande base de données dans laquelle se trouve la liste des objets et des personnes disparues, en Europe.
L'Accord de Dublin a modifié lui les règles de demandes d'asile.


Fiscalité de l'épargne

Cet accord a consisté à introduire une retenue d’impôt sur les intérêts des placements de source non suisse, payés en Suisse en faveur de personnes résidant dans un Etat membre de l’UE.
Cette retenue d’impôt sera portée par étapes à 35%. 75 % de la retenue à la source sera reversé à l’Etat membre de l’UE dans lequel réside le bénéficiaire. 25 % reversé à la Suisse
Cet accord protège le secret bancaire suisse, car la Suisse n’a pas l’obligation de fournir des informations sur les comptes ouverts par des Européens sur son territoire.

Cet accord est entré en vigueur le 1er juillet 2005.


Imposition des pensions

Il s'agit de la double imposition des retraites de fonctionnaires de la Communauté européenne en Suisse. L'Union européenne prélève un impôt à la source sur les retraites versées à ses anciens fonctionnaires. Dans le cas où un fonctionnaire retraité de l'Union européenne est domicilié en Suisse, le montant de sa retraite est soumis à l'impôt sur le revenu suisse. Il subit donc une double imposition.
Le but de cet accord est donc d'éviter la double imposition.


Produits agricoles transformés

L'objectif est d'améliorer le mécanisme de compensation des prix à la frontière pour la composante agricole des produits. Cet accord est entré en vigueur au printemps 2005.


Environnement

La Suisse désire adhérer à l'Agence européenne pour l'environnement (AEE). L'AEE a pour mission de fournir des données comparatives afin de procurer une base scientifique aux réglementations de l'Union européenne. La Suisse, en faisant partie de l'AEE, participera à cet échange d'information.


Statistiques

La Suisse collaborera avec EUROSTAT, l'Office statistique de l'Union européenne. Cette collaboration lui assurera la transmission, la comparaison et la publication coordonnée de données statistiques sur la Suisse et sur ses partenaires européens.


Education, jeunesse

L'Union européenne cherche à promouvoir la mobilité des étudiants, des personnes en formation et des jeunes en général, à travers 3 programmes : SOCRATES, LEONARDO DA VINCI, JEUNESSE. La Suisse participait à ces programmes, mais cette collaboration n'était fondée sur aucune base juridique. Elle pouvait donc s'interrompre à tout moment. La Suisse désire donc participer plus activement à ces programmes et bénéficier des mêmes droits que les pays membres.


Média

Le programme européen MEDIA vise à aider la production européenne à surmonter les difficultés d'ordre structurel qu'elle rencontre face à la concurrence non européenne. La Suisse désire contribuer financièrement au programme MEDIA. Elle marque ainsi son intérêt à participer à la promotion de l'audiovisuel européen et les créations cinématographiques et télévisuelles suisses pourront être soutenues par MEDIA.


Fraude douanière

La Suisse désire renforcer la lutte contre la fraude dans le trafic des marchandises. Pour atteindre cet objectif, un renforcement de l'entraide judiciaire et administrative avec l'Union européenne est nécessaire.